Adosada al convento de Santa Clara, el edificio de la iglesia de San Miguel se encuentra significativamente determinado por las sucesivas fases constructivas que conforman un volumen totalmente enmascarado al exterior por edificios anexos. Se trata de un templo de nave única de cinco tramos, ábside semicircular y presbiterio y cinco capillas adosadas a ambos lados de la nave. La iglesia primitiva data del siglo XIII, de la cual tan solo se conserva el ábside cubierto con bóveda de horno y el tramo del presbiterio. A lo largo de los siglos XIV y XV se amplió la iglesia: se añadieron tres tramos a la nave cerrándolos con techumbre de madera sobre arcos diafragma apuntados. Se construyó un pórtico lateral en el lado del evangelio abierto mediante una doble arcada apuntada y la capilla del segundo tramo de la nave de la epístola. En el exterior se decoró con labor de ladrillo a partir de motivos geométricos de tradición mudéjar. A finales del siglo XV y comienzos del XVI se decidió transformar el pórtico en capillas y se llevó a cabo la construcción de otras dos en el lado del evangelio. Estas, junto al tramo del presbiterio, se cierran con bóvedas de crucería sencilla. En el siglo XVIII se añadieron dos nuevos tramos a la nave cerrados con bóvedas de lunetos; se procedió al enmascaramiento de los antiguos cierres con bóvedas de cañón con lunetos sobre arcos fajones rebajados y se trasladó el acceso al templo al muro de los pies. La construcción del convento propició la modificación de los accesos, sustituyendo el existente por la apertura de una nueva puerta lateral a la altura del segundo tramo por el muro del evangelio. El largo proceso de restauración emprendido a partir del año 1988 ha supuesto la desaparición de los elementos pertenecientes a la reforma barroca, dejando al descubierto las techumbres de madera y restos de pintura mural.